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７位は日本同盟基督教団で、１万２３４９人（クリスチャンのうち約１・３％）。１７年に１万２４６３人（１７年）だったが、１８年には１万２４５５人と、２年で１１４人減っている。１９８６年には６９４４人（当時１３位）だったところから５５１９人（約７９％）も成長したが、ここ最近、減少傾向になっている。教会数は２５３で、前年の２５０（１８年）から３つ増えた。

日本同盟基督教団は、日本の福音派（聖書信仰を強調する）で代表的な教団。１９５２年に設立されたが、前身は２２年に設立された日本同盟基督協会。１８９１年に来日した北米スカンヂナビアン・アライアンス・ミッションの宣教師の伝道によって始まった。

８位は日本アッセンブリーズ・オブ・ゴッド教団で、１万２２４８人（クリスチャンのうち約１・３％）。１８年の１万２２６９人から２１人、１７年の１万２７４９人からは５０１人（約４％）減っている。理由は不明だが、２００８年に４２６３人（約４０％）の急激な増加があり、１２年には『宗教年鑑』への報告がなく、その翌年、３１０４人（約２２％）も減っている。１９８６年に６５５１人（当時１４位）だったところから、現在は５６９７人（約８７％）も増えているが、最近、減少傾向にある。教会数は１６６。

日本アッセンブリーズ・オブ・ゴッド教団はペンテコステ派（新生とは違う「聖霊のバプテスマ」を受け、異言を語ることを強調する）の代表的な教団で、ＪＥＡの会員。１９４９年に設立されたが、始まりは１３年、米国アッセンブリーズ・オブ・ゴッド教団の宣教師の伝道による。

９位はイムマヌエル綜合伝道団で、１万１２０１人（クリスチャンのうち約１・２％）。前年の１万１３８８人（１８年）から１８７人減っている。１９８６年の１万２７３４人（当時６位）から１５３３人（約１２％）も減り、ずっと減少が続いている。教会数は前年と同じ１１３。

イムマヌエル綜合伝道団は福音派で、ホーリネス系（きよめ派）の教団。日本ホーリネス教会の蔦田二雄（つただ・つぎお）が戦後すぐに創設した。

１０位は日本キリスト教会で、１万９４５人（クリスチャンのうち約１・２％）。前年の１万１２６５人（１８年）から３２０人も減っている。１９８６年に６０４５人（当時１５位）だったところから４９００人（約８１％）も増えたが、実は１９９５年、「日本基督教会」から「日本キリスト教会」に改称した年を境に人数が倍以上（約２１７％）になっており、９７年の１万３４２０人からは２４７５人（約１８％）も減り続けている。教会数は前年と同じ１３６。

日本キリスト教会は改革長老系の教団で、１８７２年に設立された日本最初のプロテスタント教会、日本基督公会（現在の横浜海岸教会）の流れを汲み、「日本基督一致教会」（７７年）、「日本基督教会」（９０年）を経て、戦時中、日本基督教団に合同したが、１９５１年に一部の人々が離脱して「日本基督教会」として再出発した。

１１位、日本キリスト改革派教会（９７９２人）。１２位、日本正教会（９４８５人）。１３位、日本イエス・キリスト教団（７５６５人）。１４位、日本ホーリネス教団（７３１９人）。１５位、在日大韓基督教会（６２０２人、１８位）。１６位、日本長老教会（４２０９人）。１７位、日本福音教会（３８２３人）。１８位、基督兄弟団（３６５６人）。１９位、日本ナザレン教団（３６２８人）。２０位、日本バプテスト同盟（３４０８人）。

上記の数字で急激な増減がある理由として、会員総数（教会籍だけ残して、教会から離れている人も含まれる）から、現住陪餐会員数（毎週、礼拝に出席して、献金などの務めを果たしている信徒の人数）に途中で報告数を変更していることが考えられる（その逆も）。